济南市捕捞辅助船的许可证核发不收费。
根据相关法律规定，捕捞许可证件的申请需要由船舶的所有权人直接提交，不允许他人代办。为确保捕捞业的规范化管理，国家对捕捞业实行了严格的捕捞许可制度。具体来说，近海大型拖网、围网作业的捕捞许可证由国务院渔业行政主管部门批准发放；近海其他作业的捕捞许可证则由省、自治区、直辖市人民政府渔业行政主管部门根据国家下达的船网工具控制指标批准发放。
在济南市，捕捞辅助船的许可证核发遵循同样的法律依据，即《中华人民共和国渔业法实施细则》第十五条和《中华人民共和国渔业法》第二十三条。这些法律规定了捕捞许可证的发放范围和权限，确保捕捞活动的合法性和可持续性。
办理济南市捕捞辅助船的许可证核发时，申请人需要到船舶管理部门提交申请，并按照规定的程序进行。需要注意的是，发放捕捞许可证时，必须遵守国家下达的船网工具控制指标，以确保渔业资源的合理利用。
综上所述，济南市捕捞辅助船的许可证核发不收费，但申请人需要严格按照相关法律法规进行申请。
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